La Misión del Consejo es promover el consumo de pescados y mariscos mexicanos, crear una dieta nacional que incluya el consumo de productos pesqueros y acuícolas al menos tres veces por semana, así como coadyuvar a reducir los actuales índices de desnutrición, sobrepeso y obesidad que afectan al país, a través de diversas campañas de promoción de alcance nacional y regional, así como la promoción de los recursos pesqueros exportables a nivel internacional.

COMEPESCA ha realizado 5 exitosas campañas de fomento al consumo, en las cuáles se han logrado diversos alcances como: fortalecer la recordación de consumo de los pescados y mariscos mexicanos, crear confianza en su consumo, inhibir percepciones negativas y como consecuencia se ha incrementado el consumo.

Los resultados obtenidos en estas campañas han sido exitosos ya que se ha revertido la tendencia a la baja en el consumo per cápita anual de 7.16 Kg en 2001 a 10.42 en 2007.